在供应链的设计过程中，应遵循一些基本的原则，以保证供应链的设计和重建能满足供应链管理思想得以实施和贯彻的要求。
　　1.自顶向下和自底向上相结合的设计原则
　　在系统建模设计方法中，存在两种设计方法，即自顶向下和自底向上的方法。自顶向下的方法是从全局走向局部的方法，自底向上的方法是从局部走向全局的方法。自上而下是系统分解的过程，而自下而上则是一种集成的过程。在设计一个供应链系统时，往往是先由主管高层做出战略规划与决策，规划与决策的依据来自市场需求和企业发展规划，然后由下层部门实施决策，因此供应链的设计是自顶向下和自底向上的综合。
　　2.简洁性原则
　　简洁性是供应链的一个重要原则，为了能使供应链具有灵活快速响应市场的能力，供应链的每个节点都应是精简的、具有活力的，能实现业务流程的快速组合。比如供应商的选择就应以少而精为原则，通过与少数的供应商建立战略伙伴关系，以减少采购成本，推动实施JIT采购法和准时生产。生产系统的设计更是应以精细思想(Lean Thinking)为指导，努力实现从精细的制造模式到精细的供应链这一目标。
　　3.集优原则(互补性原则)
　　供应链的各个节点的选择应遵循强强联合的原则，达到实现资源外用的目的，每个企业只集中精力致力于各自核心的业务过程，就像一个独立的制造单元（独立制造岛），这些所谓单元化企业具有自我组织、自我优化、面向目标、动态运行和充满活力的特点，能够实现供应链业务的快速重组。
　　4.协调性原则
　　供应链业绩好坏取决于供应链合作伙伴关系是否和谐（和谐是描述系统是否形成了充分发挥系统成员和子系统的能动性、创造性及系统与环境的总体协调性），建立战略合作伙伴和谐关系模型是实现供应链最佳效能的保证。
　　5.动态性(不确定性)原则
　　不确定性在供应链中随处可见，许多学者在研究供应链运作效率时都提到不确定性问题。不确定性导致需求信息的扭曲。因此要预见和预测各种不确定因素对供应链运作的影响，减少信息传递过程中的信息延迟和失真，增加流程透明性并减少不必要的中间环节。
　　6.创新性原则
　　创新设计是系统设计的重要原则，没有创新性思维，就不可能有创新的管理模式，因此，在供应链的设计过程中，创新性是很重要的一个原则。要产生一个创新的系统，就要敢于打破各种陈旧的思维框框，用新的角度、新的视野审视原有的管理模式和体系，进行大胆的创新设计。

　  7.战略性原则
　　供应链的建模应有战略性观点，通过战略的观点考虑减少不确定影响。从供应链战略管理的角度考虑，供应链建模的战略性原则应体现供应链发展的长远规划和可预见性，供应链的系统结构发展应与企业的战略规划保持高度一致，并在企业战略指导下进行。